Local BLAST database download

CRISPR spacer sequence를 분석 중이다. spacer sequence가 viral genome 또는 plasmid, 다른 세균의 CRISPR에 일치하는 하는 경우가 있는지 알아보고 싶다. 웹기반으로 분석하려니 양도 많고 번거롭다. 그래서 nr database를 다운로드 받아서 command-line 기반으로 분석하려고 한다

BLAST는 이미 설치되어 있고 nr database만 다운로드 받으려고 한다

$update_blastdb --decompress nt

$update_blastdb --passive nr *

Unable to close datastream at /usr/bin/update_blastdb line 202.

Failed to download nt.00.tar.gz.md5!

이런 메시지가 뜨고 멈추는데 왜 그러는지 아직 모르겠다.

(wget -b)

(md5sum)