[makeblastdb] 자신만의 BLAST database 만들기

웹에서 제공하는 BLAST가 아닌 자신의 PC에 BLAST를 설치해서 사용하려고 하면 database도 있어야한다. ncbi ftp에 올라와있는 preformatted DB를 다운로드 받아서 사용하면 웹에서 하는 것과 동일한 결과를 얻을 수 있다.

NCBI FTP https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/

BLAST DB FTP https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

BLAST DB에 대한 설명 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README

하지만 내가 원하는 시퀀스만을 대상으로 BLAST를 하고 싶다면 직접 BLAST database를 만들어 사용할 수도 있다

Materials

    - Standalone BLAST (이미 설치되어 있어야 한다)

    - database를 구성한 시퀀스 파일 (FASTA 형식으로 amino acid 또는 nucleotide 서열)

Methods

makeblastdb -in [파일이름] -dbtype [amino acid면 prot nucleotide면 nucl] -out [DB이름]

이 후 amino acid 서열로 DB를 만들었다면 BLASTP를, nucleotide 서열이라면 BLASTN를 사용하면 된다.

blastn (또는 blastp) -db [database 이름] <- 이 부분에 자신이 만든 db이름을 넣으면 된다.